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潔凈室的分類一般按氣流流型來分，還可按使用用途和主要控制對象來分。
1、潔凈室按氣流流型分類
潔凈室按氣流流型來分類可分為單向流潔凈室、非單向流潔凈室、混合流潔凈室和矢流潔凈室。
2、潔凈室按用途和主要控制對象分類
按使用用途和主要控制對象潔凈室又可分為工業潔凈室、生物潔凈室和生物安全實驗室。
3、生物安全實驗室
生物安全實驗室是研究對人、動物、環境等有害感染性的微生物、病菌、病毒等的特殊環境條件。因此，生物安全實驗室，必須作到安全，不僅要保護實驗研究對象，使實驗得到真實可靠的實驗數據和結果，而更重要的是保護實驗操作人員和周圍的環境，使實驗人員和周圍環境都能得到可靠的安全保障。根據世界衛生組織（WHO）的標準，可將感染微生物的危險度等級依它們的危險程度不同劃分為4個不同的級別。而且不同危險度等級的生物安全實驗室也要有相對應的生物安全水平。
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